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PubChemとCAS:化学情報の提供をめぐって

  • Posted by: smine
  • 2005年6月15日 15:23
  • 動向紹介

pubchem.GIF


オープンアクセスもどきで世間を賑わせている米国国立衛生研究所が再び物議を醸し出している。その物議の対象となっているのは、NIHが提供しているPubChemという名のデータベースで、これが米国化学会のChemical Abstracts Service Registryと競合するので、少なくともNIHはPubChemを閉鎖するまではいかなくても、サービス提供の焦点を見直すべきではないかというACSの主張に対し,多くの批判が寄せられているというのが大まかな話である。
(専門外の話なので,専門用語に間違いがある場合はご指摘ください)

PubChem・CASとは

PubChemは2004年にNIHのNCBIによって開発・開設され、生物医学分野の利用者を対象に低分子情報を提供するもので、無料で利用できる。NIHの戦略ロードマップの主たる構成要素であるMolecular Library Initiativeの重要な1部門として位置づけられている。 PCSubstance(840,000レコード), PCCompound(64,000レコード), PCBioAssay(170)の三つのデータベースを統合した形をとっており,化合物,物質,生物定量法,構造式などを検索することができ,検索結果からは,各データベースへのリンクや学術雑誌(Nature Chemical Biologyなど)へのリンクが張られている。

PubChemとCASの比較

http://pubs.acs.org/cen/img/83/i24/contentsimg.gif
CAS PubChem
予算 2億6千万ドル 300万ドル
人員 1,300 13
規模 2,500万 85万
目的 化学者へ化学情報や特許情報の提供 医学研究者へ統合的な医学情報の提供


ACSの主張


ACSが5/23日付で公開した資料によれば,PubChemはCASの複製であって,連邦政府は納税者の支援を受けた競合的な科学出版社になることを求めるべきでないと主張している。NIHの助成とは関連のない低分子情報を収集,組織化,流通させることは自由な科学出版への道を閉ざすものとなるし,PubChemに集めれらたデータがパブリックドメインにあることは何ら関係がなく,情報を集めそれを多様な形態で公開するのは,民間部門のすることで,現時点では,収録データがCASと比較して少ないけれど,今後追加されればそれは脅威となる。

NIHその他の主張

当事者のNIHの主張は,PubChemとCASの両者に重複するものは3%ほどで収録の範囲も異なるのであるし,CASは化学文献や特許,化学反応へのリンクを張っているのであるから,競合的とか複製物というよりは補足的なものである(ACSは約100万の化学物質が重複しているとしている)。PubChemからCASにリンクを張れば,現時点であまりCASを利用しない医学研究者へのアクセスを提供することができ新たな市場を開拓できるのではないかとしている。

昨年度から両者は数回の話し合いを行っているようであるが、ACSはオハイオ州政府の役人(Bob TaftやRalph Regulaら)らに接触をしているとのことである(CASはオハイオにある)。

この対立は


  • 政府と民間部門が果たすべき役割の領域の線引きはどこが適当なのか

  • 政府助成研究の成果およびパブリックドメインにある情報へのアクセスは誰がどのように担うべきであるのか


などといった問題をあらわにしていると思える。


参考情報: 概説 A Cauldron Bubbles: PubChem and the American Chemical Society http://www.infotoday.com/newsbreaks/nb050606-1.shtml

The American Chemical Society and NIH's PubChem
http://osc.universityofcalifornia.edu/news/acs_pubchem.html

Database Debate
NIH's PubChem chemical structure database draws ACS's concern
http://pubs.acs.org/cen/news/83/i17/8317notw1.html

NIH AND ACS SPAR OVER PUBCHEM
Agency's new chemical database draws concern from ACS for similarities to CAS Registry
http://pubs.acs.org/cen/government/83/8324gov1.html

Congress Takes Steps To Limit PubChem
House Appropriations subcommittee addresses NIH's chemical database
http://pubs.acs.org/cen/news/83/i25/8325PubChem.html

Chemists Want NIH to Curtail Database
http://www.sciencemag.org/cgi/reprint/308/5723/774a.pdf

反応
Richard J. Roberts, 1993 Nobel prize recipient for Physiology or Medicine
https://mx2.arl.org/Lists/SPARC-OAForum/Message/1977.html

Reply to Nobel Laureate Roberts (see above) from Madeleine Jacobs, ACS Executive Director and Chief Executive Officer.
https://listserv.indiana.edu/cgi-bin/wa-iub.exe?A2=ind0506&L=chminf-l&T=0&F=&S=&P=1191

Statement from ACS
http://www.cas.org/acsnih/acscas_statement.pdf

The Association of American Medical Colleges’ public statement in support of PubChem
https://mx2.arl.org/Lists/SPARC-OAForum/Message/1962.html

Association of Academic Health Science Libraries
http://www.aahsl.org/document/AAHSL_PubChemLetter_June_2005.pdf

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